設立宗旨
配合國家整體經建之發展與社會之轉型在經過國人多年的努力後，民國89年國民所得（GNP）已達到14,216美元，行政院經濟建設委員會預估民國100年時，國民所得（GNP）將增加一倍，可達26,000美元。而隨著國民所得的增加，國人愈來愈重視生活的品質與自己生命、安全、健康的狀況，因此，目前國內與健康相關的產業正在蓬勃發展，加上自民國87年元月起實施隔週休二日，政府更在民國90年元月起實施週休二日，在有閒暇及充分的經濟條件支持下，健康生活的規劃已然成為一種生活方式與必然的趨勢。健康生活規劃的知識與能力，並非與生俱來的，亦不會隨著生活富裕而提高這種知識與能力，所以有必要透過系統化的推廣與教育，帶動國人整體的健康優質新生活。世界衛生組織（WHO）對健康產業的定義：『生理上、心理上和社會上的安全、安寧、美好狀態』。也就是說，只要能夠提升人類生活幸福的方式與事業，皆可以稱為健康產業。『健康』不僅是個人的期望，也是國家社會的責任。然而健康產業目前所遭遇到的問題，即是高等健康科技人才的不足，雖目前國內已設有多所健康管理相關研究所，培育出眾多的管理人才，但對於基礎健康產業的硬體支援，特別是專業研發人才的培育，是目前國內有待大力加強的。
目標與特色
（一）以健康科技延伸到產業應用為發展重點
（二）以「保健食品生物技術」、「中草藥生物技術」與「微生物生物技術」為發展特色
（三）以生物科技中心奠立之基礎，繼續加強研究與應用層次
（四）整合本校既有之實驗室與周邊生技園區產業，強化研究、教學與行銷管理並行
（五）以專業師資、產學合作、實務課程、跨領域學程及研究團隊等支撐，彰顯前述發展重點及發展特色：
1.強化健康科技應用專業師資
2.促進產學合作與實務課程分析
3.整合跨領域學程及研究團隊
。畢業學生進路規劃
台灣地區經濟發展之重心，已由勞力密集產業，轉向知識及技術密集產業，特別是健康生技產業，在就業市場對此人力素質的要求大幅提高，對於科技人力數量需求日趨殷切。依照97年11月經濟部商業司公司登記資料分析得知，全台灣與健康生技相關產業達26,180家，從業人員超過51,200人以上，台北市與健康生技相關產業達6,500家，而台北縣與健康生技相關產業達4,800家；就台北市而言，以生物科技命名之公司達1,006家，且半數以上聚集於南港、內湖地區。因此，本所將可擔負提升與培育北部健康生技人才之責任，除可對業界學生進行在職訓練外，並可藉此與健康生技產業之脈動緊密結合，而本所招生對象目前為在職進修學生，畢業後除可回原工作單位繼續服務，轉至更有發展潛力的單位服務，甚至可自行創業。
本所設施與資源
(一)一般教學實驗室
貴重儀器實驗室、共同實驗室、化學實驗室、分子生物/生物化學實驗室、食品分析檢驗實驗室、食品加工實驗室、生物/微生物實驗室
(二)特色實驗室
真菌與植物生技實驗室、生物高分子與應用微生物實驗室、基因工程與發酵實驗室、環境生物技術與生化工程實驗室、環境生物與毒理實驗室、保健藥品與化妝品實驗室、天然物研究室、延緩衰老研究室、食品化學研究室、食品衛生與安全研究室、食品微生物研究室